Проблема в неправильной обработке тегов. Т.е. нужно учитывать не только точки , но и сами теги. <a><div> и другие, учитывать <a>...</a>, как целое предложение.
Было
TEXT
<a href="http://" target="_blank" rel="nofollow" ><img src="http://" alt="LONG TEXT" border="0" /></a><br />
<br>
TEXT<strong>TEXT</strong><br>
TEXT
<br>
<a rel="nofollow" href="http://" target="_blank" style="font-size:24px">TEXT</a>
Стало
TEXT" border="0" /></a><br />
<br>
TEXT <strong>TEXT </strong><br>
TEXT.<a href="http://" target="_blank" rel="nofollow" ><img src="http://" alt="TEXT
<br>
<a rel="nofollow" href="http://" target="_blank" style="font-size:24px">TEXT</a>TEXT" target="_blank" href="http://" style="font-size:24px">TEXT </a>
</p>
Как вариант вижу не учитывать при перемешивании текст между тегами <a></a> .не учитывать содержание тега <img>, а то у меня ALT длинный и получается безобразица)
Ну или учитывать, но перемешивать текст внутри тегов, чтобы не нарушать структуру!!!