Из вашего описания я так и не понял, что конкретно вы хотите. Возможно если вы прочитаете то, что сами написали -то не поймёте, что тут не понятного, но для человека, который не видит всю картину — это не будет так просто.
Всё, что мне удалось понять, это то, что у вас есть один большой проект в котором вы обрабатываете материалы и множество мелких проектов, в которые этим материалы в конечном итоге должны попасть. Сразу возникает вопрос «зачем?». Почему бы изначально не делать всё либо в одном проекте, либо в разных?
Второе, что мне не понятно, при чем тут формат xls и почему с его помощью должно быть возможно «управлять структурой множества проектов»?
На данный момент я могу делать импорт из xls файла в один конкретный проект и вся структура будет в моем управлении, как хочу так и создам папки и материалы.
Это в принципе не возможно по одной простой причине: xls — это двумерная матрица, а проекты в Зеброиде имеют древовидную структуру потому с помощью xls у вас уже никак не получится создать структуру проекта сложнее чем 2 уровня вложенности (т.е. только категории и посты).